山階鳥研は下記の組織・機関や大学と連携協定を締結しています（2022年2月20日現在）。

• 東京農業大学大学院（2005年4月1日）
• 東邦大学大学院（2005年4月1日）
• 帝京科学大学大学院（2008年4月1日）
• 京都市動物園（2018年11月12日）
• ベルニス・パウアヒ・ビショップ博物館(Bernice Pauahi Bishop Museum) （2019年2月14日）
• 我孫子市教育委員会（2021年3月23日）
• 芝浦工業大学柏中学高等学校（2022年12月8日）

※（）内の日付は締結または発効日。