（2023年9月現在）
※ 所員が退職後も調査研究活動等を継続することを支援するため、「山階鳥類研究所フェロー」制度を設けました。
| 特任研究員（五十音順） |
| ● 上田恵介 | 立教大学名誉教授 |
| ● 上塚浩司 | 茨城大学農学部食生命科学科動物保護衛生学研究室教授 |
| ● 遠藤秀紀 | 東京大学総合研究博物館教授 |
| ● 岡島秀治 | 東京農業大学名誉教授 |
| ● 小城春雄 | 北海道大学名誉教授 |
| ● 佐藤克文 | 東京大学大気海洋研究所教授 |
| ● 髙木昌興 | 北海道大学大学院理学研究院生物科学部門・教授 |
| ● 高田 勝 |
（有）今帰仁アグー代表 |
| ● 中島 功 | 東海大学医学部医学科客員教授 |
| ● 中村浩志 | 信州大学名誉教授 |
| ● 西海 功 |
（独）国立科学博物館動物研究部研究主幹 |
| ● 長谷川政美 |
統計数理研究所名誉教授 |
| ● 長谷川雅美 | 東邦大学理学部生命学科地理生態学研究室教授 |
| ● 福田勝洋 | 名古屋大学名誉教授 |
| ● 藤巻裕蔵 | 帯広畜産大学名誉教授 |
| ● 真鍋 真 |
（独）国立科学博物館 研究調整役 |
| ● 吉田 成 | 東京工芸大学名誉教授 |
| ● 綿貫 豊 | 北海道大学水産科学研究院教授 |
| 特任専門員 |
| ● 内山春雄 | 日本バードカービング協会会長 |
| ● 岡村正章 | 文化放送『朝の小鳥』収録・構成担当 |
| ● 北條政利 | 元（公財）山階鳥類研究所事務局長 |
| 客員研究員（五十音順） |
| ● 蘇 雲山 | （一財）環境文化創造研究所主席研究員 |
| ● 園部浩一郎 | 自営 |
